Un giorno, mentre sta tornando a casa, Ageha Yoshina, un ragazzo che aiuta le persone a risolvere i propri problemi per 10.000 yen, trova un telefono pubblico che squilla. Alza la cornetta ma non riceve alcuna risposta, ed una volta riattaccata, nota che dall'apparecchio esce una scheda telefonica con scritto Psyren. Dopo che Sakurako Amamiya, una compagna di classe di Yoshina, è scomparsa proprio davanti ai suoi occhi dopo aver menzionato Psyren, Yoshina usa la carta di Psiren con la speranza di ritrovare la compagna, nonostante fosse stato avvertito di non restare coinvolto. Dopo aver risposto ad un quiz interminabile ad un telefono pubblico, la voce femminile che gli ha risposto quando ha infilato la carta gli domanda se vorrebbe far parte della società di Psyren. Dopo aver risposto no con rabbia, se ne va. Il giorno dopo due persone cercano informazioni su Ageha e la sua carta. Mentre è inseguito da questi ultimi, il ragazzo riceve una chiamata che diventa sempre più forte ad ogni istante e che non capisce da dove possa arrivare, ma, appena risponde al telefono, viene immediatamente teleportato nel mondo di Psyren. Un mondo ostile, abitato da creature mostruose chiamate taboo e nel quale i giocatori devono sopravvivere combattendo, usando il potere dello PSI.
